Se crea la carrera como propuesta de la Facultad de Contaduría y Administración bajo la administración del Sr. Rector Braulio Guerra Malo. Ésta Licenciatura era independiente y pertenecía directamente a la Secretaría Académica de la Universidad, dirigida por Jesús Pérez Hermosillo. La Licenciatura comienza sus actividades en Marzo, que era el inicio de semestre en esa época, después de haber sido aprobada en el 86.
La primera generación fue de 39 alumnos y 6 maestros.
La Licenciatura en Informática se muda a sus primeras instalaciones en el edificio de la Universidad en el Centro Histórico (ex-prepa centro) de la ciudad, después de que la Preparatoria Centro se mudara a Preparatoria Norte. El primer coordinador de la carrera fue el Dr. Luis Fernando Saavedra Uribe, quien fungió como coordinador durante los primeros cuatro años de la Licenciatura.
La Licenciatura en Informática estaba equipada con un centro de cómputo, mientras que en otras Facultades contaban con pocas computadoras para el uso adminstrativo. El centro de cómputo estaba equipado con 10 PCs y 20 estaciones de trabajo en un equipo NSR Tower multiusuario UNIX.
La Licenciatura en Informática regresa al Campus Centro Universitario a ocupar su primer edificio. Esta licenciatura tenía como enfoque principal solventar la necesidad de desarrolladores de sistemas para soportar las áreas funcionales en una empresa, y con el crecimiento del área de T.I. en las empresas, ésta nueva rama de profesionistas comenzó a volverse necesaria.
Éste año se llevó a cabo la reestructuración del Estatuto Orgánico de la Universidad, promoviendo la creación de cuatro escuelas nuevas: Escuela de Sociología (hoy Ciencias Políticas), Escuela de Veterinaria (hoy Ciencias Naturales), Escuela de Filosofía y la Escuela de Informática. El primer director de la Escuela fue el Mtro. Luis Fernando Saavedra Uribe, quien anteriormente fue el primer Coordinador y que como Director trabajó durante dos periodos, 91 al 94 y 94 al 97.
Las generaciones de alumnos comenzaron a crecer, llegando a cerca de 100 alumnos semestrales. Debido a esto y al número en aumento de aspirantes a la Licenciatura, se inaugura el segundo edificio de la Escuela de Informática en el campus Centro Universitario.
El Colegio de Informática ofertaba únicamente la carrera de Licenciatura en Informática, principal competidor a nivel estatal de la Ingeniería en Computación del ITESM. La licenciatura ofrecía dos áreas terminales que permitían a los alumnos egresar como técnico (orientado al desarrollo de sistemas computacionales) o administrativo (relacionado con el manejo de la información de las empresas).
Microsoft lanza el primer navegador web para windows 95, Internet Explorer. También se lanza el navegador Netscape. Los sitios de comercio en linea comienzan a aparecer de manera fuerte, se funda Amazon.
Con el crecimiento en matrícula de la Escuela se buscaron diferentes recursos para sustituir los equipos de cómputo obsoletos, como rifas o donativos. Entre los donativos, la Unidad de Recursos Hidráulicos de la Comisión de Aguas donó un equipo que necesitaba configurarse, por lo cual Francisco Villegas, que trabajaba en ésta unidad, comenzó su participación con la Escuela de Informática.
Se crea el primer posgrado impulsado por la participación de la escuela en congresos locales de ANIEI. El primer posgrado de la Escuela de Informática fue la Maestría en Ciencias Computacionales, y con esto oficialmente se vuelve una Facultad, ya que el requisito es tener al menos un posgrado. Para este momento, la plantilla de personal docente era de 35 maestros. La Facultad fue sede del Congreso Nacional de Seguridad Informática, en donde participó un hacker llamado John Draper, mejor conocido como Captain Crunch.
Se llevaron a cabo las elecciones de la Facultad de Informática y fue elegida como segunda directora de la Facultad la Dra. Teresa Guzmán Flores, quien habría sido anteriormente la Secretaria Académica de la Facultad durante la administración del Mtro. Saavedra.
Este año se realizó por primera vez la pastorela de la Facultad de Informática, evento que hoy en día forma parte de nuestras tradiciones.
Se creó la segunda carrera de la Facultad de Informática que fue la primera ingeniería que buscaba cubrir el aspecto de desarrollo de hardware en la industría: La Ingeniería en Computación.
Se crea una alternativa de Técnico Superior Universitario (Nivel 5 de la SEP) y se creo el primer posgrado profesionalizante de la Facultad, la Maestría en Ingeniería de Software Distribuido, que fue candidata a CONACYT. Tambien este año se llevó a cabo la construcción de dos edificios mas y la construcción del Laboratorio de Electrónica con el equipo construido a la medida que se tiene actualmente.
Este año se llevó a cabo la construcción de un edificio especializado en Software Distribuido para soportar el desarrollo de la nueva maestría. También se comenzaron a equipar las aulas con proyectores para las clases.
Se llevó a cabo la inauguración del 4to edificio de la Facultad de Informática en CU. A esta inauguración asistió el entonces presidente de república Vicente Fox Quesada, hecho que resultó trascendental en la Universidad Autónoma de Querétaro. También durante este año se realizó una marcha universitaria por la política de austeridad de la epoca y dificultad de obtención de recursos en la que hubo una gran participación del alumnado de la universidad (12,000 aprox.).
En Marzo del 2003 la Dra. Teresa Guzman deja su puesto como Directora para volverse Secretaria Particular del Rector, por lo que de forma interina el Dr. Alejandro Santoyo Rodríguez entra en funciones como Director. En Junio del mismo año, el Dr. Iturralde gana las elecciones y se convierte en el tercer director de la Facultad de Informática.
Surge un sitio web para estudiantes en la Universidad de Hardvard creado por Mark Zuckerberg. Hoy es la red social más utilizada y conocida a nivel mundial, superando los más de 1500 millones de usuarios. Éste y otros lanzamientos significaron la transisción a la web 2.0.
Se llevó a cabo de manera oficial el primer Congreso Internacional de Tecnologías de la Información y Comunicaciones. Éste congreso se celebró en 6 ocaciones, siendo el ultimo en el 2011. Tambien se llevó a cabo la renovación del equipo del Centro de Cómputo y los equipos reemplazados fueron donados a los alumnos de la Facultad.
Durante éste año se aprobó la creación del tercer posgrado de la Facultad: la Maestría en Sistemas de Información. Debido al crecimiento en matrícula y demanda de las carreras de la Facultad, se sometió a votación el traslado de la Facultad a un campus más grande, en el que se eligió entre campus Aeropuerto y el que sería finalmente la nueva cede de la Facultad: el Campus Juriquilla.
Durante éste año se llevo a cabo la reestructuración de los dos planes de estudios INF07 (Licenciatura en Informática) e INC07 (Ingeniería en Computación). El nuevo programa de INF07 fue acreditado como de calidad por el CONAIC (Consejo Nacional de Acreditación en Informática y Computación) por primera vez. Debido a las nuevas necesidades de la industria se crearon dos nuevos programas: TEL07 (Ingeniería en Telecomunicaciones) y SOF07 (Ingeniería en Software). También como parte de la reestructuración se crearon nuevos proyectos como el Centro de Investigación y Desarrollo (CIDIT), convenios de certificación con iCarnegiey la implementación del software Rosetta Stone.
Durante el 2007 se comenzó a trabajar en un proyecto de Facultad que incluia dos edificios. Para Enero del 2008, la Facultad de Informática se mudaba a su nueva casa en el Campus Juriquilla, en donde al arrancar clases solo se tenia el Edificio de Aulas y el de Oficinas, que fueron gestionados con recursos FAM con el eje transversal de funcionar como una Fábrica de Software. Junto con las nuevas instalaciones se elaboraron convenios con CISCO, IBM, Oracle, Microsoft, entre otros.
Terminando el segundo periodo del Mtro. Santoyo, se llevaron a cabo las elecciones en la Facultad, en donde fue elegida como la cuarta directora la M. en C. Ruth Angélica Rico Hernández, quién anteriormente había sido jefa y fundadora de Educación Contínua durante la administración del Mtro. Saavedra, Jefa de Posgrado durante la administración de la Dra. Guzmán y Secretaria Académica en la administración del Mtro. Santoyo. También se llevó a cabo la creación del posgrado Maestría en Software Embebido, que buscaba crear una vinculación fuerte entre la académia y la industria.
Se creó el departamento de Centro de Desarrollo que tiene ejes principales la vinculación con la industria y gobierno por medio de desarrollo de software a la medida, la formación académica y profesional de los alumnos de la Facultad. El primer proyecto desarrollado por Centro de Desarrollo fue el Portal Institucional de Tutorías. A la par se creó la Maestría en Ciencias Computacionales, fortaleciendo las líneas de investigación en el posgrado de la Facultad.
Se crea la más reciente de las licenciaturas de la Facultad: la Licenciatura en Administración de Tecnologías de Información. Ésta se crea en base a las necesidades actuales de la industria y es la segunda Licenciatura de la Facultad. Durante este año también se invirtió en infraestructura para el deporte con la construcción de la cancha de Futbol, Basquetbol y Volibol
Se cumplen los 25 años de la Facultad de Informática y en el marco de la celebración se lleva a cabo la Semana Académica y Cultural 2012. También se lleva a cabo la inversión en material e infraestructura para el laboratorio de Telecomunicaciones y Redes en base a la necesidad de las materias y alumnos que cursaban ese plan de estudios, gracias a esto se fortaleció el programa de Académia CISCO. También durante éste año se trabajó con la reestructuración de los planes de las maestrías en Software Embebido y Ciencias Computacionales. Éste año tambien se creó el Doctorado en Ciencias Computacionales.
Durante este año se llevó a cabo la acreditación de los planes de estudio Ingeniería en Software e Ingeniería en Telecomunicaciones junto con la reacreditación de la Licenciatura en Informática. Durante éste año también se llevó a cabo la construcción de la cafetería de la Facultad y de la bibliotéca campus Juriquilla.
A finales de éste año durante la tradicional posada de la Facultad de Informática se llevó a cabo por primera vez la construcción del Árbol de los Deseos, desarrollado por los maestros como actividad extra. Este Árbol se ha vuelto parte importante de las tradiciones navideñas de la Facultad. De igual forma, buscando fortalecer la cultura se llevó a cabo el 5to Concurso de Altares y Ofrendas del Día de Muertos.
Durante el último periodo de administración de la Mtra. Ruth Angélica Rico Hernández se trabajó en comenzar a darle una identidad deportiva a la Facultad, lo que posteriormente se convertiría y consolidaría como el proyecto Troyanos.
Se lleva a cabo el proceso de elecciones de director en la Facultad de Informática y el M.I.S.D. Juan Salvador Hernández Valerio resulta elegido como el 5º Director. Se consolida el proyecto Troyanos no solo como un proyecto deportivo, si no como una identidad académica, deportiva y cultural a traves de diferentes grupos como: Troyanos Developers Club, Troyanos Visual Media Department, el grupo de Alfas y Betas de Centro de Desarrollo, etc. Tambien se colocó la primera piedra del edificio de Investigación y Desarrollo Tecnológico que tambien alojará laboratorios especializados para cada carrera. Tambien se firmó la carta de intención de colaboración con la Red de Instituciones Educativas de T.I. entre distintas universidades del pais. Se llevó a cabo la inauguración de laboratorios de Mac y Cómputo en Paralelo.